作为早期大型地面佛寺的典型代表，莫尔寺遗址对于研究我国早期佛寺的布局、发展演变，以及古代喀什的佛教历史、丝绸之路佛教考古等方面，均具有重要意义。
此次评审专家认为：莫尔寺遗址以基本完整的结构布局、较为齐全的寺院建筑类型、较早的年代和延续较长的时期，为呈现佛教初入中国后在新疆的传播及佛教中国化的历程，提供了丰富鲜活的资料。
莫尔寺遗址是19世纪末20世纪初西方“探险队”在新疆四处侵扰文化遗址，搜寻佛像、壁画、文书、木简等文物时发现的，因没有重要发现而只是被简单记录了一笔。
