《十二木卡姆》是新疆维吾尔木卡姆的主要代表，共有12套，每套都有规范、宏大的音乐结构，各含歌曲、舞曲、器乐曲20至30首，由琼乃额曼、达斯坦和麦西热甫三部分组成。
麦盖提县维吾尔刀郎木卡姆是麦盖提县独具地方特色的民俗文化，与其他各地流传的刀郎木卡姆和新疆境内的各种维吾尔木卡姆有着千丝万缕的联系，同时又有相对独立的艺术特色，具备较高的艺术价值。
吐鲁番木卡姆的唱词多为民间歌谣，也有中世纪文人墨客的诗作，它汇集了吐鲁番维吾尔民间口头文学和察合台历史时期古典诗歌的精华，成为研究古代高昌人和周边族群及现代维吾尔民族的生活哲学、伦理道德、民俗民风、文学艺术等诸种文化表现不可多得的活态资料。
哈密木卡姆是流传在新疆东部哈密地区的一种历史悠久、篇幅宏大、结构完整的大型维吾尔音乐套曲，共有“琼都尔木卡姆”“乌鲁克都尔木卡姆”等12套，其中7套包括两个乐章(即两套曲目)，共有258首曲目、数千行歌词。
